納骨堂は地下室のような構造で、内部は幅3～4メートル、奥行き約4メートル、高さ約2メートル。その上は土や草木で覆われている。出入りには、上部の扉付きの穴から延びたはしごが使われていた。
捜査1課は、倒れた状態で見つかった7月23日の朝、大谷さんが練炭を見つけ、確認しようと納骨堂内に入ろうとして、意識を失ったとみている。練炭を見つけた大谷さんに納骨堂近くに呼ばれた60代の妻や40代の娘も、病院に搬送されたが、命に別条はないという。
一酸化炭素は無色・無臭のため、練炭の影響で地下納骨堂内の濃度が高くなっていることに気付かなかった可能性があるという。