雑誌の持ち主が網棚に置き忘れただけということであれば、持ち主の雑誌に対する財産的利益（所有権ないし占有）を侵害することになりますので、窃盗罪（刑法235条）や遺失物等横領罪（同254条）に問われる可能性があると考えます。
窃盗罪は、占有者の意思に反して他人の占有を奪った場合に成立する犯罪で、「10年以下の懲役または50万円以下の罰金」になる可能性があります。
遺失物横領罪は、占有者の意思に基づかずに占有者の占有を離れた物を横領した場合に成立する犯罪で「1年以下の懲役または10万円以下の罰金もしくは科料」になる可能性があります。
持ち主が網棚に置き忘れたことを覚えていて、まだ近くにいるときに持っていった場合は「窃盗罪」、持ち主が網棚に置き忘れてその場から離れ、かなり時間が経ってから持っていった場合は「遺失物横領罪」になる可能性があります。
しかし、雑誌が電車内の網棚に捨てられたもので、電車の運送事業者による回収・再利用も予定されていないということであれば、持ち主がいない物であって誰の財産的利益も侵害しませんので、何ら罪に問われないと考えます。