ネクソンは、1994年にMMORPG「風の王国」を開発するために、金正宙氏が大学で知り合った宋在京氏と共に創業したとされている。
社名はNext Generation Online Serviceの略。
1996年4月に「風の王国」がサービスを開始し、2024年現在でも韓国サービスは継続しており、「世界で最も長く運営されている商用グラフィカルMMORPG」としてギネス記録に登録されている。
ネクソンは「基本プレイ無料」の料金形態をオンラインゲームに導入した世界初の企業だとされており、2001年3月5日に「クイズクイズ」というオンラインゲームを基本プレイ無料化した。
業界からの懸念とは裏腹に、基本プレイ無料化によってネクソンは爆発的な成功を収め、定額制が一般的だったオンラインゲームの新たな料金形態として、基本プレイ無料が一気に普及した。
2003年4月には、2D横スクロールのMMORPG「メイプルストーリー」の韓国サービスが開始された。メイプルストーリーは5度のクローズドベータテストを経てリリースされた。
2003年12月には「メイプルストーリー」の日本サービスも開始されている。
いわゆる「ガチャ」のような、ランダム型の課金アイテムを初めてオンラインゲームで販売したのもネクソンだとされており、1回100円でランダムにアイテムが入手できる課金アイテムが2004年に「メイプルストーリー」に実装された。
2004年にはネクソンのdevCATスタジオで開発されたMMORPG「マビノギ」の韓国サービスが開始された。
2005年には、日本支社だったネクソンジャパンに親会社が異動。
2009年にはネクソンジャパンが「株式会社ネクソン」に社名変更し、2011年には東京証券取引所に上場した。
2008年には、「アラド戦記」の開発で知られているNeople社を買収。Neopleがネクソンの子会社となった。アラド戦記は中国で大ヒットし、2018年にはPCオンラインゲーム世界1位の収益を記録している。
2010年にはFPS「サドンアタック」の開発会社のGAMEHIを買収した。
また、2010年にはエレクトロニック・アーツからオーウェン・マホニー氏を招き入れ、CFOに就任し、東証上場に備えた。オーウェン・マホニー氏は2014年にネクソンのCEOに就任し、2024年に退任した。
近年では、2018年にモバイルゲーム「HIT」の開発会社Nat Gamesを買収し子会社化。同時期にNat Gamesでは後に「ブルーアーカイブ」として発表される「Project MX」の企画がスタートする。
2021年にはNat GamesとNexon GTが統合し「Nexon Games」が発足。